Az Orosz Frontlégierőt 1993 és 1994 között újra kellett alakítani. A megmaradt erőket öt légi hadseregbe szervezték. Az eredeti szovjet MiG-29-esek közel fele Oroszországon kívül maradt, így csak nyolc harci ezredet tudtak a típussal feltölteni. Ezek mellet öt kiképző központ repülte még a típust a kilencvenes évek közepén.
Az elmúlt bő húsz évben két nagy csökkentési hullám során (1998 és 2009 kezdetű) ezen ezredek nagy részét felszámolták. Amit nem az jellemzően a Szu-27-es gépcsalád valamelyik tagjával váltottak le.
Északon a szentpétervári 76. Légihadseregnek két MiG-29-es ezrede volt, amiket az 1998-as csökkentési hullám során felszámoltak. Közülük az egyiket megszüntetése előtt, pár évre Szu-27-esre képezték át.
A moszkvai katonai körzet 16. Légihadserege szintén két MiG-29-essel felszeret harci ezredet birtokolt a kilencvenes években. Az egyiket 1998-ban felszámolták, a másik kapta meg az sikertelen algériai exportból visszamaradt MiG-29SMT-et. Jelenleg két százada van. Ez az egyedüli orosz harci alakulat ami megtartja jelenleg a MiG-29-es típust!
Délen az észak-kaukázusi régióban a 4. Légihadsereg is két harci MiG-29-es ezreddel volt felszerelve eredetileg. Mivel hagyományosan forró volt a talaj ezek 2009-ig kihúzták, de ekkor össze lettek vonva. A megmaradt 31. vadászrepülő ezrednek most folyik az átképzése Szu-30SzM típusra.
1998 után összevonták az orosz Légvédelmet a frontlégierővel, így a MiG-29-esek is átkerültek Légvédelmi szerepkörbe. (Korábban szervezetileg soha nem szolgált MiG-29-es ezred szovjet-orosz légvédelem kötelékében, bár adtak készültséget. Érdekes adat, hogy pl a Magyarországon települt szovjet MiG-29-es alakulatok készültségi gépei a nyolcvanas években a Magyar Központi Harcálláspont alárendeltségében voltak békeidőben.)
Visszatérve a témához 1998-ban az Orosz Légvédelem MiG-23P/MLD típusait kivonták, és az Örményország légvédelmét biztosító századot MiG-29-esekre cserélték. Ez a század használja már csak a hagyományos MiG-29-eseket (jelen esetben 9.13 változat) aktív állományban.
Az európai régión kívül, az Orosz távol-keleten is volt két frontlégierő a kilencvenes években. Mindkettő egy-egy harci ezredben használta a Mig-29-es 9.12-es változatát. Az orosz távol-keleti körzet 1. Légihadseregének ezrede már 1996-ban át lett képezve Szu-27-esre. Míg a szibériai katonai körzet 23. Légihadseregének MiG-29-es ezrede kapta meg elsőként a Szu-30SzM típust 2013-ban.
Összefoglalva, napjainkra csak három kiképző központ repüli a hagyományos (9.12, 9.13, 9.51) MiG-29-est, valamint az örmény légvédelmet biztosító egyetlen harci század. Kiképző feladatkörben jelen tervek szerint a Jak-130-as váltja le a típust.
Az összes többi ezredet fokozatosan átképezték a jóval nagyobb hatósugarú Szu-27-es, illetve Szu-30SzM típusokra, kivéve a Hidegháború alatt Magyarországon települt 14. vadászrepülő ezred két századát, amik MiG-29SMT-vel repülnek. De ez utóbbi is csak presztízs kérdésből használja a típust.