1533. június 22-én megkötötték a várva várt
békét Szulejmán és a Habsburg fivérek között. A szultán gyermekeivé fogadta Ferdinándot és
Habsburg Máriát, elfogadta Ferdinánd magyarországi területszerzését, de utóbbinak az általa birtokolt magyar területekért évi 30 ezer aranyat kellett fizetnie, s a Porta nyomására el kellett ismernie Szapolyai Jánost Magyarország királyaként.
A békekötést a Habsburg-hű magyarok nagy felháborodással fogadták. Nyilvánvalóvá vált, hogy Ferdinánd a bátyja, V. Károly pénzügyi és fegyveres támogatása nélkül nem képes támadó háborút indítani a török ellen. V. Károly számára a magyar háború ügye sokadlagos volt a
francia királlyal való rivalizálás, a
protestantizmus terjedése, a
Német-római Birodalom belső problémái vagy akár a
mediterráneumi hadszíntér mellett.
Ferdinánd és
János hosszú küzdelem után elismerte, hogy egyikük sem tudja legyőzni a másikat, így
1538.
február 24-én Váradon a két uralkodó titkos megállapodást kötött. A szerződés két részre osztotta az országot: a keleti rész Szapolyaié, a nyugati Ferdinándé. Ezen kívül kimondta, hogy
I. János halála után az egész ország Ferdinándra száll. Szapolyai ekkor már idős volt, és sem felesége, sem fia nem lévén, elfogadta ezt a szerződést. A szerződésbe (a biztonság kedvéért) azért belevették, hogy ha esetleg Jánosnak fia születne, akkor kárpótolni kell őt egy német hercegséggel.
A megállapodás mindkét fél miatt titkos volt, ugyanis ez sem Szulejmán szultánnak, sem V. Károlynak nem tetszett volna.
Ferdinánd azonban mindenről tájékoztatta Szulejmánt. Arra számított, hogy a szultán megvonja a segítséget ellenfelétől, ha rájön az árulásra. Ez így is történt, ám az 52 éves Szapolyai János meghiúsította Ferdinánd terveit: feleségül vette
Izabellát, a lengyel királylányt, majd fiuk született, de ez a frigy nem sokáig tartott;
1540-ben János
szívszélhűdésben meghalt. Halálos ágyán megeskette hű tanácsadóját,
Fráter Györgyöt, hogy nem tartja be a
váradi béke passzusát, hanem fiát,
Jánost juttatja a trónra.
[12] György barát nagyon ügyes politikus volt. Állítólag Ferdinánd egyszer úgy nyilatkozott róla, hogy neki mindene megvan, ami
Szapolyai Jánosnak, csak „azt a barátot”, azt irigyelte tőle.
Ferdinánd sereggel jött azért, amit szépen nem adtak neki. Az
1541-es budai ostromot szintén Roggendorf vezette, 30 000 német zsoldos vonult a csecsemő király ellen.